Historia de los heterodoxos españoles es un estudio de gran envergadura y profunda erudición donde Menéndez Pelayo desmenuza la labor de todos los pensadores y escritores perseguidos por la tradición católica española, asumiendo el punto de vista del catolicismo.

A grandes rasgos, los temas de la obra son los mismos en las diversas épocas investigadas: doctrinas teológicas heterodoxas y sus iniciadores y representantes; supuestos espirituales (místicos e iluminados, magos y hechiceros) y filosóficos (gnosticismo, panteísmo, averroísmo, erasmismo, iluminismo, jansenismo, liberalismo…) por detrás de aquellas doctrinas heterodoxas; contexto socio-político de cada época; y por último el desarrollo de la respuesta ortodoxa a las doctrinas erradas. Para profundizar en estos temas se vale nuestro autor de numerosísimas fuentes que van desde escrituras públicas hasta hagiografías, pasando por decretales pontificias, documentos conciliares, obras literarias, cartas, así como traducciones diversas y obras de todo tipo de autores: creyentes y no creyentes; católicos y protestantes de todo rango; españoles en y fuera de España